艾滋病患者多出现明显的消瘦和严重的营养不良，贫血、白细胞、血小板或全血细胞减少。

长期腹泻引起水电解质紊乱，神经系统的损伤引起智力下降、反应迟钝、抑郁、忧虑、类妄想狂精神病或痴呆。

心血管系统的损伤引起心动过速、心脏增大、充血性心力衰竭。

肾功能的损伤可引起间质性肾炎和肾小管坏死，出现蛋白尿、少尿、高度水肿、氮质血症及肾功能衰竭。

肌肉骨骼系统的损伤可引起游走性关节炎、关节疼痛和关节腔积液，酷似风湿性关节炎，抗风湿治疗效果不佳，亦可表现有多发性肌炎，肌肉明显压痛及活动障碍，肌肉活检呈坏死性肌炎。

内分泌系统的损伤可出现肾上腺功能不全和低肾素血症、低血压、持续性低血钠和高血钾、甲状腺功能低下、糖尿病和肾上腺危象等。