晚期（相当于CDC分类第IV组C、D、E亚型，即AIDS期）：辅助性T细胞明显下降，多伴有各种机会性感染和肿瘤，临床可出现多种症状，各种机会性感染的病原和病变不同，临床表现各异（美国65%的AIDS患者发生卡氏肺囊虫肺炎；3%的AIDS患者通过纤维内窥镜发现食道念珠菌感染
最常见的可有：
（1）机会感染：有革兰阳性或革兰阴性菌，结核杆菌及鸟型分枝杆菌。病毒（HBV、HSV）。真菌感染有隐球菌、念珠菌和组织胞浆菌感染。原虫有卡氏肺囊虫肺炎，弓形体病及隐孢子虫病等。
（2）恶性肿瘤：Kaposi肉瘤、淋巴瘤等。
任何不典型的刺激性皮疹部应怀疑此病。
例如 卡波济氏肉瘤——癌变可能非常难看，需要用化妆品掩饰，局部的单次放疗可能有助于减轻肿胀和局部不舒感，食道梗阻则需要化疗，类固醇激素可减轻晚期的肿胀。